Cofiroute seule, liée à l'Etat par un contrat de concession d'une durée de 70 ans (à partir de la mise en service des deux tunnels), finance intégralement la construction, l'exploitation et l'entretien du Duplex A86. Les fonds avancés par Cofiroute proviennent d'emprunts obligataires, de concours bancaires et d'un autofinancement.
100 % du coût de la réalisation du bouclage de l'A86 — estimé à quelques 1,7 milliards d'euros — est supporté par Cofiroute. Ni l'État, ni les collectivités locales ne seront mis à contribution.

Selon le principe de la concession, qui permet de décharger la collectivité d'un investissement ne profitant pas également à tous, c'est l'automobiliste - et lui seul - qui paie pour l'infrastructure qu'il utilise.
Le Duplex A86, à l'exemple des 1100 km de voies que gère déjà Cofiroute dans le centre et l’Ouest de la France, sera exploité comme une autoroute à péage. Le droit de passage acquitté par chaque utilisateur contribuera au remboursement des emprunts contractés par Cofiroute. Comme pour les autres péages, les tarifs seront validés par l’Etat.
A noter d’ailleurs qu’ils feront l’objet d’une modulation tarifaire pour mieux répartir le trafic lors les pointes de fréquentation du matin et du soir.
Des formules d’abonnement offrant des remises jusqu’à 35% seront proposées, par exemple pour les trajets domicile-travail, ou pour les entreprises. Cofiroute étudie aussi des formules d’abonnement inscrivant le Duplex A86 dans une logique de mobilité urbaine et citoyenne, avec des avantages pour les personnes à mobilité réduite, les véhicules électriques, les étudiants ou encore le covoiturage.
Toutes les offres tarifaires mettront l’accent sur le télépéage, qui assure un débit deux fois plus rapide que les autres modes de paiement (à l’exception d’une carte magnétique pour le covoiturage).

Les abonnements au télépéage seront commercialisés en divers points : site Internet (www.cofiroute.fr), centre d’appels (n°0892 70 26 34, 0,34 euro TTC/min), Espace Clients Mobile (camionnette commerciale pour aller au devant des clients) ainsi que plusieurs parkings VINCI Park. Un Espace Clients permanent sera ouvert au centre d’exploitation à Rueil-Malmaison.